Das Pergamonmuseum wurde nach den Entwürfen von Alfred Messel durch Ludwig Hoffmann zwischen 1910 und 1930 errichtet. Zuvor, von 1901 bis 1909, stand an gleicher Stelle ein kleinerer Bau.

In ihm waren zunächst die bedeutenden Ausgrabungsfunde der Berliner Museen, wie die zwischen 1878 und 1886 geborgenen Friesplatten des Pergamonaltars, untergebracht. Ungenügende Fundamentierungen führten jedoch bald zu Schäden am Gebäude, so dass es noch vor dem Ersten Weltkrieg abgerissen werden musste.Das neue, größere Pergamonmuseum wurde als Dreiflügelanlage konzipiert. Heute beherbergt es drei Museen. die Antikensammlung mit den Architektursälen und dem Skulpturentrakt, das Vorderasiatische Museum und das Museum für Islamische Kunst. Durch die imposanten Rekonstruktionen archäologischer Bauensembles - Pergamonaltar, Markttor von Milet und Ischtar-Tor mit Prozessionsstraße von Babylon und Mschatta-Fassade - ist das Museum weltweit bekannt geworden.

Im Rahmen des Masterplans Museumsinsel wird unter der Leitung des Architekturbüros Oswald Mathias Ungers das Museum ab 2008 abschnittsweise saniert. Von einer Gesamtschließung des Gebäudes wird abgesehen.